En cuanto a la fauna se puede encontrar una gran diversidad relacionada con la coexistencia de dos ambientes naturales, fluvial y de montaña. La presencia constante de agua favorece la vida en la cova negra, esto facilita la abundancia de anfibios como el sapo común, sapo corredor además de otras especies de ranas. En las zonas secas podemos encontrar reptiles como la salamanquesa, lagartijas y lagartos ocelados.
Entre los mamíferos destacan el erizo europeo, la musaraña común, la gineta, el zorro y el jabalí, éste ultimo ha ido en aumento la última década teniéndose que hacer batidas para controlar la población en la zona.
Por la parte de las aves está ampliamente representado por el águila perdicera, el falcón peregrino, el cernícalo vulgar, el vencejo, o la oropéndola
A banda del evidente tesoro ecológico que encontramos en el paraje natural municipal de la cova negra la visita no puede terminar sin prestar atención al yacimiento arqueológico de relevancia internacional que da nombre al paraje y que explicaremos con detalle en la siguiente entrada.
Por lo que hace referencia a la vegetación del lugar, podemos encontrar una amplia gama tanto como de especies arbóreas, como de especies arbustivas. En la zona más pegada al rio, encontraremos especies tales como la caña, carrizales y juncales, además de murtas y adelfas. Además, están representadas las formaciones de bosque de galería típicos de ecosistemas de ribera con la presencia de chopos y olmos.
En los primeros tramos del sendero, encontramos paneles informativos de algunas de las especies que vamos a encontrar:
En la zona de montaña dominan en el matorral, la coscoja y el lentisco junto a especies como el palmito y otras como el algarrobo o el acebuche. Las formaciones de brolla bien adaptadas a los suelos pobres son la formación mas extendida por la zona con especies como el brezo, la aliaga o la estepa blanca. También son destacables las especies como el tomillo, la pebrella, endemismo valenciano, y otras de gran interés para la medicina popular: Rabo de gato, herba d’olives…
En las paredes también están presentes endemismos propios de paredes y fisuras rocosas como la orella de ratolí o de roca, sin embargo, la más relevante es el ull de perdiu que se encuentra en peligro de extinción, y se distribuye por las montañas del Buixcarró, del Mondúver, y en Játiva en la sierra del castillo y en la cova negra.
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