El Parque Natural del Alto Tajo, se caracteriza por la gran diversidad florística que posee y protege, ya que dentro de sus límites vegetan cerca de un 20% del total de especies presentes en la flora ibérica.
Son relevantes los extensos pinares de diferentes especies de pino, existen grandes masas de Pino silvestre, Pino laricio y Pino resinero, además de superficies más reducidas pero no menos valiosas de Pino carrasco.
Entrando más en detalle tenemos los pinares, en términos generales, de las 177.433 Ha. que engloba el Parque y la Zona Periférica (zona PORN), un 75% está cubierta por masas forestales arboladas más o menos densas, un 12% está dominado por matorrales y diversas especies, el 3% son pastos y tomillares y el 10% restante se reparte entre cultivos, barbechos y suelo urbano.
El siguiente grupo forestal, en importancia cuantitativa, sería el de los sabinares, donde se pueden distinguir según la especie dominante:
- Sabinares albares (Juniperus thurifera), 23.642 Ha. aprox. (13%).
- Sabinares negrales, (Juniperus phoenicea), 1.259 Ha. aprox. (1%).
- Robledales, de Quercus pyrenaica, 413 Ha. aprox. (0,3%).
- Quejigares, de Quercus faginea, 2.498 Ha. aprox. (1,7%).
- Encinares, de Quercus ilex ssp. ballota, 4.827 Ha. aprox. (3%)
En la zona central del Parque, en las parameras calizas, hay vastas masas de sabina albar, catalogadas entre las mejor conservadas de Europa.
En las orillas del Tajo y sus afluentes las especies arbóreas más representadas son el chopo, fresno, sauce y el olmo. Considerando la vegetación de ladera mencionaremos como especie dominante al pino laricio, generalmente asociado en las zonas de solana y según se sube de altitud con la encina, con un sotobosque caracteristicos de boj, enebro y guillomo. Por contrario, en zonas húmedas de umbría se asocia al quejigo, siendo en este caso las especies arbustivas más típicas: el agracejo, endrino, avellano, aligustre y sorbo silvestre.
Las especies más destacadas en su posible desaparición o extintas pueden ser:
- Carex disticha Huds.
El libro de referencia para conocer de primera mano las especies más amenazadas del parque es, "Flora amenazada y protegida del Parque Natural del Alto Tajo"
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